***************************************************************** CAPS: Co-Evolution Analysis using Protein Sequences Author: Mario A. Fares Code for Inter-protein co-evolution clustering: David McNally Evolutionary Genetics and Bioinformatics Laboratory Department of Genetics Smurfit Institute of Genetics University of Dublin, Trinity College Mathematical Model: Fares and Travers, Genetics (2006)173: 9 - 23 ******************************************************************** Amino acid sequence alignment for /home/users/fuchs/HelixCorrTest/eco_gi_1787101_SC_95.fasta: ---------------------------------------------------------------------------- 1rc2 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318(157) 320(158) G391: 318(157) 321(158) G392: 318(157) 376(197) G393: 319(157) 320(158) G394: 319(157) 321(158) G395: 319(157) 377(197) G396: 320(157) 321(158) G397: 320(157) 377(197) G398: 321(157) 322(158) G399: 321(157) 323(158) G400: 324(157) 325(158) G401: 324(157) 373(197) G402: 324(157) 374(197) G403: 324(157) 376(197) G404: 324(157) 377(197) G405: 325(157) 367(197) G406: 327(159) 374(197) G407: 327(159) 377(197) G408: 347(178) 395(206) G409: 352(183) 354(185) G410: 358(189) 359(190) 364(195) 397(207) G411: 359(190) 398(208) G412: 366(197) 369(198) G413: 366(197) 370(198) G414: 366(197) 379(198) G415: 366(197) 380(198) G416: 366(197) 381(198) G417: 366(197) 383(198) G418: 366(197) 385(200) G419: 367(197) 370(198) G420: 369(197) 370(198) G421: 369(197) 373(198) G422: 369(197) 377(198) G423: 369(197) 378(198) G424: 369(197) 379(198) G425: 369(197) 380(198) G426: 370(197) 373(198) G427: 370(197) 378(198) G428: 370(197) 379(198) G429: 370(197) 380(198) G430: 370(197) 381(198) G431: 370(197) 382(198) G432: 373(197) 374(198) G433: 373(197) 375(198) G434: 373(197) 376(198) G435: 373(197) 377(198) G436: 373(197) 378(198) G437: 373(197) 380(198) G438: 373(197) 407(217) G439: 374(197) 375(198) G440: 374(197) 376(198) G441: 374(197) 377(198) G442: 374(197) 452(231) G443: 374(197) 453(231) G444: 375(197) 376(198) G445: 375(197) 377(198) G446: 375(197) 386(201) G447: 376(197) 377(198) G448: 380(197) 381(198) G449: 389(202) 391(203) G450: 391(203) 392(204) G451: 453(231) 454(232) G452: 457(231) 467(232) G453: 457(231) 475(232) G454: 458(231) 461(232) G455: 458(231) 462(232) G456: 458(231) 463(232) G457: 458(231) 465(232) G458: 460(231) 461(232) G459: 460(231) 464(232) G460: 462(231) 467(232) G461: 463(231) 464(232) G462: 463(231) 465(232) G463: 463(231) 466(232) G464: 463(231) 467(232) G465: 463(231) 468(232) G466: 463(231) 469(232) G467: 463(231) 470(232) G468: 464(231) 467(232) G469: 465(231) 466(232) G470: 465(231) 467(232) G471: 465(231) 468(232) G472: 466(231) 467(232) G473: 466(231) 468(232) G474: 466(231) 469(232) G475: 467(231) 468(232) G476: 467(231) 469(232) G477: 467(231) 470(232) G478: 467(231) 471(232) G479: 467(231) 475(232) G480: 467(231) 476(232) G481: 468(231) 469(232) G482: 468(231) 470(232) G483: 468(231) 471(232) G484: 469(231) 470(232) G485: 469(231) 471(232) G486: 469(231) 472(232) G487: 469(231) 473(232) G488: 469(231) 474(232) G489: 471(231) 481(232) G490: 471(231) 484(232) G491: 471(231) 485(232) G492: 472(231) 473(232) G493: 473(231) 474(232) G494: 473(231) 478(232) G495: 473(231) 481(232) G496: 473(231) 485(232) G497: 474(231) 485(232) G498: 475(231) 476(232) G499: 475(231) 477(232) G500: 475(231) 479(232) G501: 475(231) 480(232) G502: 475(231) 483(232) G503: 475(231) 484(232) G504: 475(231) 486(232) G505: 475(231) 487(232) G506: 475(231) 488(232) G507: 476(231) 479(232) G508: 476(231) 486(232) G509: 476(231) 487(232) G510: 477(231) 479(232) G511: 477(231) 480(232) G512: 477(231) 486(232) G513: 480(231) 482(232) G514: 480(231) 483(232) G515: 481(231) 484(232) G516: 481(231) 485(232) G517: 481(231) 486(232) G518: 484(231) 485(232) G519: 484(231) 486(232) G520: 484(231) 487(232) G521: 485(231) 487(232) Detection of Compensatory Mutations ------------------------------------------------------------ Detecting correlation in hydrophobicities in the groups of coevolution: Group Sites Hydroph. Corr. Prob ----- ----- -------------- ---- G1 9(0) & 11(1) 0.7864 0.0088 G2 9(0) & 15(1) 0.4421 0.0261 G3 9(0) & 21(1) 0.5448 0.0174 G4 9(0) & 23(1) 0.5147 0.0187 G6 9(0) & 26(1) 0.8310 0.0076 G7 9(0) & 35(1) 0.5765 0.0155 G8 18(0) & 19(1) 0.4793 0.0215 G9 18(0) & 23(1) 0.7691 0.0090 G11 18(0) & 25(1) 0.4442 0.0259 G12 18(0) & 28(1) 0.4514 0.0252 G13 18(0) & 29(1) 0.7767 0.0089 G14 18(0) & 30(1) 0.4648 0.0237 G16 24(0) & 25(1) 0.5130 0.0189 G17 24(0) & 26(1) 0.5448 0.0174 G18 24(0) & 27(1) 0.5435 0.0175 G19 24(0) & 28(1) 0.3683 0.0329 G20 24(0) & 29(1) 0.4058 0.0283 G21 24(0) & 30(1) 0.3793 0.0313 G22 24(0) & 31(1) 0.4970 0.0203 G23 24(0) & 32(1) 0.6070 0.0144 G25 26(0) & 31(1) 0.8786 0.0063 G26 26(0) & 32(1) 0.6988 0.0107 G27 26(0) & 35(1) 0.5908 0.0152 G28 28(0) & 30(1) 0.9766 0.0050 G29 28(0) & 31(1) 0.6818 0.0112 G30 28(0) & 32(1) 0.4498 0.0252 G33 29(0) & 31(1) 0.9529 0.0050 G34 29(0) & 32(1) 0.5199 0.0183 G35 30(0) & 31(1) 0.7083 0.0105 G36 30(0) & 32(1) 0.5226 0.0180 G39 38(0) & 39(1) 0.3711 0.0323 G40 42(0) & 43(1) 0.3109 0.0432 G45 57(12) & 139(57) 0.3977 0.0291 G47 57(12) & 350(181) 0.4234 0.0273 G55 64(17) & 348(179) 0.3485 0.0360 G63 228(117) & 230(119) 0.4885 0.0208 G75 72(25) & 349(180) 0.3987 0.0290 G79 220(109) & 363(194) -0.3216 0.0412 G82 220(109) & 363(194) -0.3216 0.0412 G83 220(109) & 363(194) -0.3216 0.0412 G87 220(109) & 363(194) -0.3216 0.0412 G89 76(29) & 349(180) 0.2852 0.0496 G103 86(31) & 87(32) 0.3747 0.0317 G104 86(31) & 88(32) 0.6320 0.0134 G107 87(31) & 88(32) 0.3796 0.0313 G108 87(31) & 89(32) 0.4074 0.0282 G122 204(105) & 369(197) 0.2985 0.0464 G130 120(39) & 124(43) 0.4335 0.0267 G130 120(39) & 359(190) 0.3878 0.0307 G130 124(43) & 359(190) 0.3057 0.0446 G131 120(39) & 126(45) 0.4218 0.0273 G132 120(39) & 358(189) 0.7813 0.0088 G132 120(39) & 397(207) 0.4353 0.0267 G132 358(189) & 397(207) 0.5066 0.0196 G133 120(39) & 332(164) 0.3816 0.0310 G133 120(39) & 358(189) 0.7813 0.0088 G133 120(39) & 397(207) 0.4353 0.0267 G133 332(164) & 397(207) 0.3287 0.0391 G133 358(189) & 397(207) 0.5066 0.0196 G134 120(39) & 358(189) 0.7813 0.0088 G134 120(39) & 397(207) 0.4353 0.0267 G134 358(189) & 397(207) 0.5066 0.0196 G135 120(39) & 358(189) 0.7813 0.0088 G135 120(39) & 397(207) 0.4353 0.0267 G135 358(189) & 364(195) 0.3898 0.0305 G135 358(189) & 397(207) 0.5066 0.0196 G142 126(45) & 358(189) 0.5810 0.0154 G145 140(58) & 151(67) 0.3175 0.0414 G146 140(58) & 154(70) 0.2841 0.0499 G148 140(58) & 356(187) 0.3858 0.0308 G177 216(109) & 325(157) 0.3142 0.0424 G179 216(109) & 325(157) 0.3142 0.0424 G179 216(109) & 376(197) 0.2987 0.0463 G179 257(127) & 376(197) 0.3798 0.0312 G180 325(157) & 377(197) 0.3569 0.0347 G185 220(109) & 363(194) -0.3216 0.0412 G187 220(109) & 363(194) -0.3216 0.0412 G198 216(109) & 219(110) 0.4621 0.0240 G199 216(109) & 377(197) 0.3567 0.0347 G200 216(109) & 375(197) 0.3475 0.0364 G200 257(127) & 375(197) 0.3313 0.0387 G201 217(109) & 218(110) 0.4306 0.0268 G202 217(109) & 219(110) 0.4628 0.0239 G204 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0.8152 0.0078 G342 311(157) & 313(158) 0.7715 0.0090 G343 311(157) & 314(158) 0.7031 0.0106 G344 311(157) & 315(158) 0.3706 0.0324 G345 311(157) & 316(158) 0.6755 0.0113 G346 311(157) & 318(158) 0.6236 0.0140 G347 311(157) & 319(158) 0.3029 0.0452 G348 311(157) & 320(158) 0.6308 0.0136 G349 311(157) & 321(158) 0.6359 0.0132 G351 312(157) & 313(158) 0.6983 0.0107 G352 312(157) & 314(158) 0.7218 0.0102 G353 312(157) & 315(158) 0.5844 0.0152 G354 312(157) & 316(158) 0.5540 0.0166 G355 312(157) & 318(158) 0.5081 0.0194 G356 312(157) & 319(158) 0.5323 0.0179 G357 312(157) & 320(158) 0.4724 0.0224 G358 312(157) & 321(158) 0.5196 0.0183 G360 313(157) & 314(158) 0.8652 0.0064 G361 313(157) & 315(158) 0.6419 0.0130 G362 313(157) & 316(158) 0.7442 0.0095 G363 313(157) & 318(158) 0.7425 0.0095 G364 313(157) & 319(158) 0.3516 0.0358 G365 313(157) & 320(158) 0.6821 0.0112 G366 314(157) & 315(158) 0.6143 0.0143 G367 314(157) & 316(158) 0.7137 0.0103 G368 314(157) & 318(158) 0.6569 0.0125 G369 314(157) & 319(158) 0.6998 0.0106 G370 314(157) & 320(158) 0.6633 0.0120 G371 314(157) & 321(158) 0.5836 0.0152 G372 315(157) & 316(158) 0.6987 0.0107 G373 315(157) & 317(158) 0.6232 0.0140 G374 315(157) & 318(158) 0.7256 0.0101 G375 315(157) & 319(158) 0.5846 0.0152 G376 315(157) & 320(158) 0.5159 0.0187 G377 315(157) & 321(158) 0.6475 0.0127 G381 316(157) & 317(158) 0.8073 0.0079 G382 316(157) & 318(158) 0.7725 0.0089 G383 316(157) & 319(158) 0.4046 0.0284 G384 316(157) & 320(158) 0.8519 0.0071 G385 316(157) & 321(158) 0.8108 0.0079 G388 317(157) & 321(158) 0.5966 0.0148 G389 318(157) & 319(158) 0.3716 0.0322 G390 318(157) & 320(158) 0.7325 0.0099 G391 318(157) & 321(158) 0.6833 0.0110 G393 319(157) & 320(158) 0.3443 0.0367 G394 319(157) & 321(158) 0.3072 0.0440 G396 320(157) & 321(158) 0.7025 0.0106 G399 321(157) & 323(158) 0.4121 0.0278 G400 324(157) & 325(158) 0.4851 0.0213 G404 324(157) & 377(197) 0.3059 0.0446 G410 358(189) & 359(190) 0.4326 0.0268 G410 358(189) & 364(195) 0.3898 0.0305 G410 358(189) & 397(207) 0.5066 0.0196 G411 359(190) & 398(208) 0.6688 0.0118 G423 369(197) & 378(198) 0.4137 0.0276 G433 373(197) & 375(198) 0.4401 0.0262 G444 375(197) & 376(198) 0.3704 0.0324 G446 375(197) & 386(201) 0.3516 0.0358 G447 376(197) & 377(198) 0.3788 0.0314 G451 453(231) & 454(232) 0.3379 0.0379 G452 457(231) & 467(232) 0.4631 0.0239 G454 458(231) & 461(232) 0.3903 0.0305 G455 458(231) & 462(232) 0.4166 0.0275 G456 458(231) & 463(232) 0.4563 0.0246 G457 458(231) & 465(232) 0.4375 0.0265 G458 460(231) & 461(232) 0.5536 0.0166 G459 460(231) & 464(232) 0.5732 0.0157 G460 462(231) & 467(232) 0.4735 0.0224 G461 463(231) & 464(232) 0.6269 0.0138 G462 463(231) & 465(232) 0.6750 0.0114 G463 463(231) & 466(232) 0.5910 0.0152 G464 463(231) & 467(232) 0.5520 0.0167 G465 463(231) & 468(232) 0.5778 0.0154 G466 463(231) & 469(232) 0.4186 0.0275 G467 463(231) & 470(232) 0.5106 0.0193 G468 464(231) & 467(232) 0.4596 0.0241 G469 465(231) & 466(232) 0.6483 0.0127 G470 465(231) & 467(232) 0.5824 0.0153 G471 465(231) & 468(232) 0.6003 0.0145 G472 466(231) & 467(232) 0.5972 0.0146 G473 466(231) & 468(232) 0.5958 0.0149 G474 466(231) & 469(232) 0.4472 0.0257 G475 467(231) & 468(232) 0.6724 0.0116 G476 467(231) & 469(232) 0.4510 0.0252 G477 467(231) & 470(232) 0.4827 0.0214 G478 467(231) & 471(232) 0.5140 0.0187 G481 468(231) & 469(232) 0.5359 0.0179 G482 468(231) & 470(232) 0.6414 0.0130 G483 468(231) & 471(232) 0.4032 0.0286 G484 469(231) & 470(232) 0.3651 0.0337 G485 469(231) & 471(232) 0.3858 0.0308 G486 469(231) & 472(232) 0.3913 0.0302 G487 469(231) & 473(232) 0.3636 0.0339 G488 469(231) & 474(232) 0.3833 0.0310 G491 471(231) & 485(232) 0.2925 0.0476 G492 472(231) & 473(232) 0.6100 0.0143 G493 473(231) & 474(232) 0.6331 0.0134 G498 475(231) & 476(232) 0.2849 0.0496 G507 476(231) & 479(232) 0.4290 0.0268 G509 476(231) & 487(232) 0.4020 0.0288 G510 477(231) & 479(232) 0.7161 0.0103 G511 477(231) & 480(232) 0.5713 0.0159 G515 481(231) & 484(232) 0.3751 0.0317 G518 484(231) & 485(232) 0.5430 0.0175 G519 484(231) & 486(232) 0.3682 0.0329 G520 484(231) & 487(232) 0.6449 0.0128 G521 485(231) & 487(232) 0.7096 0.0104 Detecting correlation in the Molecular weights in the groups of coevolution: Group Sites MW Corr. Prob ----- ----- -------- ----- G1 9(0) & 11(1) 0.5100 0.0279 G3 9(0) & 21(1) 0.4651 0.0325 G4 9(0) & 23(1) 0.4591 0.0335 G6 9(0) & 26(1) 0.3762 0.0433 G8 18(0) & 19(1) 0.6676 0.0174 G9 18(0) & 23(1) 0.8067 0.0105 G11 18(0) & 25(1) 0.5220 0.0270 G12 18(0) & 28(1) 0.4807 0.0313 G13 18(0) & 29(1) 0.4321 0.0366 G14 18(0) & 30(1) 0.6896 0.0164 G15 18(0) & 32(1) 0.4323 0.0366 G16 24(0) & 25(1) 0.6412 0.0192 G17 24(0) & 26(1) 0.8996 0.0083 G18 24(0) & 27(1) 0.5234 0.0269 G19 24(0) & 28(1) 0.3923 0.0412 G20 24(0) & 29(1) 0.4678 0.0321 G21 24(0) & 30(1) 0.5628 0.0240 G22 24(0) & 31(1) 0.4781 0.0317 G25 26(0) & 31(1) 0.5777 0.0229 G26 26(0) & 32(1) 0.4009 0.0401 G28 28(0) & 30(1) 0.8101 0.0105 G29 28(0) & 31(1) 0.8866 0.0086 G30 28(0) & 32(1) 0.3875 0.0415 G33 29(0) & 31(1) 0.6148 0.0202 G34 29(0) & 32(1) 0.3848 0.0420 G35 30(0) & 31(1) 0.9138 0.0076 G36 30(0) & 32(1) 0.5348 0.0262 G39 38(0) & 39(1) 0.5128 0.0277 G40 42(0) & 43(1) 0.4278 0.0370 G47 57(12) & 184(85) 0.4849 0.0306 G47 57(12) & 350(181) 0.5900 0.0220 G47 184(85) & 350(181) 0.4423 0.0353 G63 228(117) & 230(119) 0.4243 0.0374 G72 70(23) & 343(174) 0.3424 0.0483 G76 72(25) & 236(125) 0.3577 0.0451 G103 86(31) & 87(32) 0.3431 0.0483 G104 86(31) & 88(32) 0.5266 0.0266 G109 88(31) & 89(32) 0.4234 0.0375 G111 89(31) & 90(32) 0.3569 0.0454 G117 98(35) & 348(179) 0.4309 0.0366 G130 124(43) & 359(190) 0.5428 0.0253 G132 358(189) & 397(207) 0.4781 0.0317 G133 332(164) & 358(189) 0.3963 0.0404 G133 358(189) & 397(207) 0.4781 0.0317 G134 358(189) & 362(193) 0.8654 0.0093 G134 358(189) & 397(207) 0.4781 0.0317 G134 362(193) & 397(207) 0.4280 0.0369 G135 358(189) & 397(207) 0.4781 0.0317 G147 140(58) & 183(84) 0.6046 0.0209 G152 150(66) & 276(146) 0.3586 0.0451 G177 216(109) & 325(157) 0.3686 0.0437 G179 216(109) & 325(157) 0.3686 0.0437 G179 257(127) & 376(197) 0.3378 0.0498 G198 216(109) & 219(110) 0.5299 0.0264 G200 257(127) & 375(197) 0.4892 0.0303 G202 217(109) & 219(110) 0.3826 0.0424 G205 217(109) & 325(157) 0.4294 0.0367 G206 217(109) & 325(157) 0.4294 0.0367 G208 218(109) & 219(110) 0.4369 0.0358 G215 219(109) & 376(197) 0.4046 0.0398 G224 228(117) & 229(118) 0.3759 0.0433 G224 228(117) & 230(119) 0.4243 0.0374 G224 229(118) & 230(119) 0.4648 0.0325 G239 247(126) & 279(149) 0.4532 0.0347 G242 251(127) & 255(128) 0.3959 0.0405 G244 251(127) & 292(157) 0.3785 0.0428 G245 251(127) & 293(157) 0.3947 0.0407 G246 251(127) & 300(157) 0.4777 0.0317 G248 251(127) & 314(157) 0.4647 0.0325 G252 255(127) & 312(157) 0.5002 0.0290 G254 256(127) & 292(157) 0.5225 0.0270 G255 256(127) & 293(157) 0.4068 0.0395 G257 256(127) & 303(157) 0.5311 0.0264 G258 256(127) & 309(157) 0.5910 0.0219 G259 256(127) & 318(157) 0.5371 0.0259 G266 358(189) & 362(193) 0.8654 0.0093 G278 297(157) & 298(158) 0.8155 0.0101 G279 297(157) & 299(158) 0.6360 0.0193 G280 297(157) & 303(158) 0.6153 0.0202 G282 297(157) & 305(158) 0.9773 0.0052 G283 297(157) & 306(158) 0.8090 0.0105 G284 297(157) & 307(158) 0.5163 0.0275 G285 297(157) & 308(158) 0.7406 0.0139 G287 297(157) & 316(158) 0.7173 0.0150 G288 297(157) & 317(158) 0.6757 0.0169 G289 297(157) & 321(158) 0.3784 0.0429 G290 302(157) & 303(158) 0.3899 0.0413 G293 302(157) & 312(158) 0.6559 0.0181 G294 302(157) & 314(158) 0.4101 0.0391 G295 302(157) & 317(158) 0.5329 0.0264 G296 302(157) & 318(158) 0.3579 0.0451 G298 302(157) & 320(158) 0.5170 0.0275 G300 305(157) & 306(158) 0.7070 0.0157 G301 305(157) & 307(158) 0.4512 0.0348 G302 305(157) & 308(158) 0.7483 0.0137 G304 305(157) & 316(158) 0.7823 0.0117 G305 305(157) & 317(158) 0.5904 0.0219 G306 305(157) & 321(158) 0.3653 0.0446 G307 306(157) & 307(158) 0.8699 0.0093 G308 306(157) & 308(158) 0.3686 0.0437 G310 306(157) & 316(158) 0.4247 0.0373 G311 306(157) & 317(158) 0.7693 0.0123 G314 307(157) & 311(158) 0.5766 0.0230 G318 307(157) & 317(158) 0.6009 0.0211 G320 309(157) & 310(158) 0.5766 0.0230 G321 309(157) & 311(158) 0.8169 0.0101 G322 309(157) & 312(158) 0.5456 0.0252 G323 309(157) & 313(158) 0.5747 0.0231 G324 309(157) & 314(158) 0.6807 0.0167 G325 309(157) & 315(158) 0.6808 0.0167 G326 309(157) & 316(158) 0.5632 0.0240 G327 309(157) & 318(158) 0.8337 0.0097 G328 309(157) & 319(158) 0.5727 0.0231 G329 309(157) & 320(158) 0.4175 0.0384 G330 309(157) & 321(158) 0.7937 0.0111 G332 310(157) & 311(158) 0.6285 0.0198 G333 310(157) & 312(158) 0.9598 0.0052 G334 310(157) & 313(158) 0.7667 0.0123 G335 310(157) & 314(158) 0.8464 0.0097 G336 310(157) & 315(158) 0.5029 0.0286 G337 310(157) & 316(158) 0.6727 0.0169 G338 310(157) & 318(158) 0.5037 0.0284 G339 310(157) & 319(158) 0.5368 0.0259 G340 310(157) & 320(158) 0.4662 0.0324 G341 311(157) & 312(158) 0.6649 0.0175 G342 311(157) & 313(158) 0.5634 0.0240 G343 311(157) & 314(158) 0.6216 0.0200 G344 311(157) & 315(158) 0.4838 0.0306 G345 311(157) & 316(158) 0.4883 0.0303 G346 311(157) & 318(158) 0.9039 0.0079 G348 311(157) & 320(158) 0.4302 0.0366 G349 311(157) & 321(158) 0.6182 0.0200 G351 312(157) & 313(158) 0.7619 0.0126 G352 312(157) & 314(158) 0.7779 0.0117 G353 312(157) & 315(158) 0.3699 0.0437 G354 312(157) & 316(158) 0.6217 0.0200 G355 312(157) & 318(158) 0.4761 0.0317 G356 312(157) & 319(158) 0.4069 0.0395 G357 312(157) & 320(158) 0.5117 0.0279 G358 312(157) & 321(158) 0.5225 0.0270 G360 313(157) & 314(158) 0.7397 0.0140 G361 313(157) & 315(158) 0.4171 0.0384 G362 313(157) & 316(158) 0.8630 0.0095 G363 313(157) & 318(158) 0.4989 0.0291 G364 313(157) & 319(158) 0.7472 0.0137 G365 313(157) & 320(158) 0.6290 0.0197 G366 314(157) & 315(158) 0.7752 0.0118 G367 314(157) & 316(158) 0.6665 0.0174 G368 314(157) & 318(158) 0.7067 0.0157 G369 314(157) & 319(158) 0.6354 0.0193 G370 314(157) & 320(158) 0.4852 0.0306 G371 314(157) & 321(158) 0.6973 0.0160 G372 315(157) & 316(158) 0.4926 0.0298 G373 315(157) & 317(158) 0.4377 0.0357 G374 315(157) & 318(158) 0.6780 0.0169 G375 315(157) & 319(158) 0.4874 0.0304 G377 315(157) & 321(158) 0.6613 0.0179 G381 316(157) & 317(158) 0.5878 0.0223 G382 316(157) & 318(158) 0.4919 0.0300 G383 316(157) & 319(158) 0.5886 0.0222 G384 316(157) & 320(158) 0.3895 0.0413 G385 316(157) & 321(158) 0.5895 0.0220 G388 317(157) & 321(158) 0.7002 0.0160 G389 318(157) & 319(158) 0.3972 0.0403 G390 318(157) & 320(158) 0.3766 0.0433 G391 318(157) & 321(158) 0.6911 0.0163 G393 319(157) & 320(158) 0.4915 0.0300 G394 319(157) & 321(158) 0.5117 0.0279 G396 320(157) & 321(158) 0.7094 0.0155 G400 324(157) & 325(158) 0.5038 0.0284 G403 324(157) & 376(197) 0.3791 0.0428 G410 358(189) & 397(207) 0.4781 0.0317 G411 359(190) & 398(208) 0.6365 0.0193 G421 369(197) & 373(198) 0.4888 0.0303 G444 375(197) & 376(198) 0.5007 0.0289 G447 376(197) & 377(198) 0.3683 0.0438 G449 389(202) & 391(203) 0.5257 0.0267 G451 453(231) & 454(232) 0.4686 0.0321 G455 458(231) & 462(232) 0.4369 0.0358 G456 458(231) & 463(232) 0.3982 0.0403 G457 458(231) & 465(232) 0.3486 0.0473 G458 460(231) & 461(232) 0.5076 0.0280 G459 460(231) & 464(232) 0.4346 0.0365 G460 462(231) & 467(232) 0.4830 0.0307 G461 463(231) & 464(232) 0.5759 0.0231 G462 463(231) & 465(232) 0.5023 0.0287 G463 463(231) & 466(232) 0.4925 0.0298 G464 463(231) & 467(232) 0.4695 0.0321 G465 463(231) & 468(232) 0.4840 0.0306 G466 463(231) & 469(232) 0.4658 0.0325 G467 463(231) & 470(232) 0.4754 0.0317 G468 464(231) & 467(232) 0.4478 0.0350 G469 465(231) & 466(232) 0.4859 0.0305 G470 465(231) & 467(232) 0.5088 0.0280 G471 465(231) & 468(232) 0.5269 0.0266 G472 466(231) & 467(232) 0.7436 0.0138 G473 466(231) & 468(232) 0.4789 0.0316 G474 466(231) & 469(232) 0.5199 0.0272 G475 467(231) & 468(232) 0.4553 0.0345 G476 467(231) & 469(232) 0.3763 0.0433 G477 467(231) & 470(232) 0.4610 0.0330 G481 468(231) & 469(232) 0.3531 0.0457 G482 468(231) & 470(232) 0.4394 0.0357 G483 468(231) & 471(232) 0.3824 0.0424 G484 469(231) & 470(232) 0.6088 0.0206 G492 472(231) & 473(232) 0.5775 0.0229 G493 473(231) & 474(232) 0.6181 0.0200 G498 475(231) & 476(232) 0.4390 0.0357 G507 476(231) & 479(232) 0.3957 0.0405 G509 476(231) & 487(232) 0.3715 0.0436 G510 477(231) & 479(232) 0.7187 0.0150 G511 477(231) & 480(232) 0.5419 0.0254 G512 477(231) & 486(232) 0.3669 0.0439 G516 481(231) & 485(232) 0.4399 0.0355 G517 481(231) & 486(232) 0.5199 0.0272 G518 484(231) & 485(232) 0.4892 0.0303 G519 484(231) & 486(232) 0.4909 0.0302 G520 484(231) & 487(232) 0.7567 0.0131 G521 485(231) & 487(232) 0.7015 0.0158 Detecting correlation in the Molecular weights and hydrophobicities in the groups of coevolution: Group Sites MW Corr. Prob Hydroph. Corr. Prob ----- ----- -------- ---- -------------- ----- G1 9(0) & 11(1) 0.5100 0.0279 0.7864 0.0088 G3 9(0) & 21(1) 0.4651 0.0325 0.5448 0.0174 G4 9(0) & 23(1) 0.4591 0.0335 0.5147 0.0187 G6 9(0) & 26(1) 0.3762 0.0433 0.8310 0.0076 G8 18(0) & 19(1) 0.6676 0.0174 0.4793 0.0215 G9 18(0) & 23(1) 0.8067 0.0105 0.7691 0.0090 G11 18(0) & 25(1) 0.5220 0.0270 0.4442 0.0259 G12 18(0) & 28(1) 0.4807 0.0313 0.4514 0.0252 G13 18(0) & 29(1) 0.4321 0.0366 0.7767 0.0089 G14 18(0) & 30(1) 0.6896 0.0164 0.4648 0.0237 G16 24(0) & 25(1) 0.6412 0.0192 0.5130 0.0189 G17 24(0) & 26(1) 0.8996 0.0083 0.5448 0.0174 G18 24(0) & 27(1) 0.5234 0.0269 0.5435 0.0175 G19 24(0) & 28(1) 0.3923 0.0412 0.3683 0.0329 G20 24(0) & 29(1) 0.4678 0.0321 0.4058 0.0283 G21 24(0) & 30(1) 0.5628 0.0240 0.3793 0.0313 G22 24(0) & 31(1) 0.4781 0.0317 0.4970 0.0203 G25 26(0) & 31(1) 0.5777 0.0229 0.8786 0.0063 G26 26(0) & 32(1) 0.4009 0.0401 0.6988 0.0107 G28 28(0) & 30(1) 0.8101 0.0105 0.9766 0.0050 G29 28(0) & 31(1) 0.8866 0.0086 0.6818 0.0112 G30 28(0) & 32(1) 0.3875 0.0415 0.4498 0.0252 G33 29(0) & 31(1) 0.6148 0.0202 0.9529 0.0050 G34 29(0) & 32(1) 0.3848 0.0420 0.5199 0.0183 G35 30(0) & 31(1) 0.9138 0.0076 0.7083 0.0105 G36 30(0) & 32(1) 0.5348 0.0262 0.5226 0.0180 G39 38(0) & 39(1) 0.5128 0.0277 0.3711 0.0323 G40 42(0) & 43(1) 0.4278 0.0370 0.3109 0.0432 G47 57(12) & 350(181) 0.5900 0.0220 0.4234 0.0273 G63 228(117) & 230(119) 0.4243 0.0374 0.4885 0.0208 G103 86(31) & 87(32) 0.3431 0.0483 0.3747 0.0317 G104 86(31) & 88(32) 0.5266 0.0266 0.6320 0.0134 G130 124(43) & 359(190) 0.5428 0.0253 0.3057 0.0446 G132 358(189) & 397(207) 0.4781 0.0317 0.5066 0.0196 G133 358(189) & 397(207) 0.4781 0.0317 0.5066 0.0196 G134 358(189) & 397(207) 0.4781 0.0317 0.5066 0.0196 G135 358(189) & 397(207) 0.4781 0.0317 0.5066 0.0196 G177 216(109) & 325(157) 0.3686 0.0437 0.3142 0.0424 G179 216(109) & 325(157) 0.3686 0.0437 0.3142 0.0424 G179 257(127) & 376(197) 0.3378 0.0498 0.3798 0.0312 G198 216(109) & 219(110) 0.5299 0.0264 0.4621 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