Einführung in die Bioinformatik I

Nachklausur

Die Nachklausur findet am 19. April 2012 in der Richard-Wagner-Str. 10, Raum 104, von 14:00-16:00 Uhr statt. Bitte wieder über TUMonline dafür anmelden. Wichtig, bitte den TUM Ausweis dabei haben.

Klausureinsicht

Klausureinsicht ist am 10. April (voraussichtlich in der Theresienstr. 39) und 19. April (nach der Nachklausur) möglich. Wer Interesse hat, bitte bis spätestens 6. April bei Florian Büttner (f.buettner (at) wzw.tum.de) melden.

Klausur Info

Um an der Klausur am 09.02.2012 teilnehmen zu können, müssen Sie sich bis spätestens 03.02.2012 in TUMonline

anmelden (WZ8001 11W FA Einführung in die Bioinformatik 1).

Ort: TUM Zentralgebäude, Ecke Theresienstr./Arcisstr., 2. OG, Raum 2750 (Karl Max v. Bauernfeind Hörsaal)

Zeit: 15:00–17:00 (Bitte unbedingt pünktlich erscheinen!)

Inhalt

Die Vorlesung führt in die Grundlagen der Bioinformatik ein. Zunächst werden die Rolle der Bioinformatik für die Biologie und ihre Aufgaben erläutert. Welche biologischen Fragen lassen sich mit Hilfe der bioinformatischen Werkzeuge lösen? Im Mittelpunkt stehen die wichtigsten Operationen zur Analyse von DNA- und Proteinsequenzen (Sequenzvergleiche, einfache Überlegungen zur Wahrscheinlichkeit von Sequenzveränderungen durch evolutionäre Prozesse, Mutationsmatrices). Wie kann man den Sequenzdatenraum strukturieren und welche funktionellen Aussagen können Sequenzvergleiche liefern?

Einteilung

Die Übungsbesprechungen finden jeweils Do von 14:30-16:00 in zwei Gruppen parallel statt – erstmals am 27. Oktober. In der Vorlesung am 20. Oktober wird die Vorgehensweise für die Anmeldung zu den Übungsgruppen besprochen und die Übungsgruppen eingeteilt. In der letzten Woche des Semesters findet während der Vorlesungszeit die Klausur statt; in dieser Woche gibt es keine Übungsbesprechungen.

Hinweise zum Übungsbetrieb

• 3-4 Studenten/innen bilden je eine Übungsgruppe,
• jede Übungsgruppe erstellt sich ein individuelles Login auf diesem Webserver,
  
• jede Gruppe gibt mit dem individuellen Login eine gemeinsame Lösung auf dem Webserver ab,
• die Lösungen müssen in einem zusammenhängenden, ordentlich formatierten und gegliederten PDF-Dokument eingereicht werden (inklusive Tabelle, Abbildungen etc.). Geeignete Softare gibt es reichlich (OpenOffice, LaTeX, MS-Word + CutePDF/FreePDF/Acrobat-Professional/, ...)
  
• jede Übungslösung muss einen Kopf aufweisen, in dem das Datum, Titel/Nummer der Übung, der Name der Übungsgruppe und die Namen aller Gruppenmitglieder aufgeführt ist.
  
• Der eigene Name auf dem Übungsblatt gilt als Versicherung, daß die betreffende Person an der Erstellung der Lösung aktiv mitgearbeitet hat und in der Lage ist, die Lösung in der Übungsbesprechung zu präsentieren
  
• Lösungen müssen jeweils bis Donnerstags 9:00 Uhr eingegangen sein und werden benotet und knapp kommentiert. Die Kommentare dienen nur der Orientierung, für alles Weitere ist die Übungsbesprechung da.
  
• die erste Übung wird nicht bewertet
• jede Gruppe darf im Semester maximal eine mangelhafte Lösung (Note 5.0) abliefern, um zur Klausur zugelassen zu sein (die Durchschnittsnote der Übungen geht jedoch nicht in die Endnote ein),
  
• bei Problemen bitte e-Mail an f.buettner (at) wzw.tum.de oder den jeweiligen Betreuer der Übungsgruppe

 

Zur Orientierung werden wir zu jeder Übungsaufgabe eine gute Lösung einer Gruppe für alle zugänglich machen. Bitte aber nicht mit perfekten Musterlösungen verwechseln!

Ziel der Übungen ist es, die Inhalte der Vorlesung in praktischer Form zu verdeutlichen. Darüber hinaus bereiten die Übungen Sie auf die Klausur vor, indem Fragestellungen geübt werden, die in der Klausur Schwerpunkte bilden.

Diese Übungen sind für Sie sicherlich der erste praktische Kontakt zur Bioinformatik. Daher haben wir für Ihre ersten Schritte teils Übungen erarbeitet, in denen Sie mit dem Webbrowser Bioinformatikwerkzeuge und Datenquellen nutzen lernen. Für diese Übungen sollten Sie unbedingt über einen leistungsfähigen Internetanschluss verfügen (z.B. die CIP-Pools von TUM und LMU). Obwohl nicht zwingend für die Übungen erforderlich, raten wir jedem Studenten, sich frühzeitig mit den Betriebssytemen aus der UNIX Familie (z.B. LINUX) vertraut zu machen – am besten auf dem eigenen Computer installieren.

Die andere Art der Übungen erweitern Ihre theoretischen Kenntnisse und Fähigkeiten. Solche Übungen lösen Sie mit Papier, Stift und Taschenrechner, dies sind genau diejenigen Hilfsmittel, die Sie in der Klausur nutzen dürfen. Um Sie mit typischen Klausurfragen vertraut zu machen, wird die letzte Übung im Semester eine alte Klausur sein.