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Einführung in die Bioinformatik I

Die Vorlesung ist Teil 1 der zweisemestrigen Einführung in die Bioinformatik. Es werden Grundlagen biologischer Prozesse und deren Behandlung mit bioinformatischen Algorithmen sowie wichtige praktische Anwendungen vorgestellt.
Materialien
Veranstaltungstyp Vorlesung und Übung
Dozent Prof HW Mewes (Vorlesung), A Dieckmann & JD Quell (Übung)
Zeit Donnerstag, 14:30–18:00
Turnus wöchentlich vom 20.10.2016 bis zum 09.02.2017
Raum VL: C 006, Luisenstr. 37, München, Ü: D 102 & D 116, Richard-Wagner Str. 10, München
Punkte 5 ECTS

TUM LV-Nr: 220248635 und 220240168

Zeitlicher Ablauf: Übung: 14:30 Uhr - 16:00 Uhr (Gruppe A: Raum D 116; Gruppe B: Raum D 102, Richard-Wagner-Str. 10). Im Anschluss Vorlesung: 16:15 Uhr - 18:00 Uhr (C 006, Luisenstr. 37). 

Aktuelle Hinweise

  • 12.01.2017: Die Anmeldung zur Klausur ist über TUMonline bis zum 02.02.2017 möglich.
  • Bitte schicken sie Fragen entweder direkt an einen der Übungsleiter (E-Mail siehe Übungsblätter) oder geben sie bei der Benutzung des Formulars auf dieser Seite eine Antwortadresse an, wir haben sonst keine Möglichkeit zu antworten.

Inhalt

Bioinformatik ist mehr als die Summe aus Biologie und Informatik. In der Einführung zur Bioinformatik geht es um die wesentlichen Grundlagen, die beide Disziplinen verbinden und Voraussetzung für das Verständnis der Analyse biologischer Daten sind.

Bioinformatiker/innen müssen biologische Grundlagen verstehen, die Methoden zur Generierung biologischer Daten kennen und die Algorithmen zur Analyse biologischer Daten beherrschen. 

Die Vorlesung führt in die Grundlagen der Bioinformatik am Beispiel der Sequenzanalyse ein. Zunächst geht es um allgemeine Fragen der Aufgaben der Bioinformatik in den Lebenswissenschaften. Welche biologischen Fragen lassen sich mit Hilfe der bioinformatischen Werkzeuge lösen? Im Mittelpunkt stehen die wichtigsten Operationen zur Analyse von DNA- und Proteinsequenzen (Sequenzvergleiche, einfache Überlegungen zur Wahrscheinlichkeit von Sequenzveränderungen durch evolutionäre Prozesse, Mutationsmatrizen). Wie kann man den Sequenzdatenraum aller Organismen und ihrer genetischen Information strukturieren und welche funktionellen Aussagen können Sequenzvergleiche liefern?

Übungsbetrieb

Ziel der Übungen ist es, die Inhalte der Vorlesung in praktischer Form zu verdeutlichen. Das 1. Übungsblatt ist nach der 1. Vorlesung online erhältlich. Um das Blatt herunterladen zu können, erstellen Sie sich bitte einen Account (wie in der Vorlesung beschrieben). Der Zugang ist auch notwendig, damit Sie ihre Lösung einreichen und die Korrektur einsehen können. 3-4 Studierende bilden je eine Übungsgruppe, diese werden nach der ersten Vorlesung per Losverfahren eingeteilt. Die erste Übungsbesprechung findet in der zweiten Woche der Vorlesungszeit statt.

Eine Anmeldung und die aktive Teilnahme am Übungsbetrieb ist obligatorisch, um an der Klausur teilnehmen zu können. Hierbei ist es Studenten freigestellt eine Bearbeitung der Übungsblätter einzureichen, oder/und an der entsprechenden Übungsbesprechung teilzunehmen.

Die regelmäßige Teilnahme an der Vorlesung und den Übungen ist wünschenswert.

Prüfung

Die Modulprüfung besteht aus den beiden Teilen Übung und Klausur, die beide bestanden werden müssen. Die Note resultiert aus der Klausur. Zum bestehen der Übung ist zu jedem Aufgabenblatt eine Abgabe (als Gruppe) und/ oder die Teilnahme an der jeweiligen Besprechung gefordert.

Klausur

Termin: Donnerstag, 09.02.2017
Zeit: 17:00 Uhr
Dauer: 90 Min.
Raum: 605, Hörsaal (Raumfinder)
Gebäude: 2907, Marsstr. 20-22, 80335 München
Inhalt: alle Themen aus Vorlesung und Übung, vgl. Modulbeschreibung

Anmeldung über TUMonline ist obligat!

 

Wiederholungsklausur

Termin: Donnerstag, 27.04.2017
Zeit: 14:10 Uhr
Dauer: 90 Min.
Raum: D 105
Gebäude: Richard-Wagner Str. 10, 80333 München
Inhalt: alle Themen aus Vorlesung und Übung, vgl. Modulbeschreibung

Anmeldung über TUMonline ist obligat!

Literaturhinweise

Marketa Zvelebil, Jeremy O. Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis Ltd., Abingdon, Oxford, UK. 1. Auflage. 2007.

David W. Mount: Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, U.S. 2. Auflage. 2004.

Zielgruppe

Gemeinsamer Bachelor-Studiengang Bioinformatik der LMU und TUM, 1. Fachsemester