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Einführung in die Bioinformatik II

Die Vorlesung ist Teil 2 der zweisemestrigen Einführung in die Bioinformatik. Es werden Grundlagen biologischer Prozesse und deren Behandlung mit bioinformatischen Algorithmen sowie wichtige praktische Anwendungen vorgestellt.
Veranstaltungstyp Vorlesung und Übung
Dozenten Prof HW Mewes (Vorlesung), A Dieckmann, J Quell (Übung)
Zeit Donnerstag, 14:30–18:00
Turnus wöchentlich vom 14.04.2016 bis zum 14.07.2016
Raum VL: D 105, Ü: D 116 & D 114, Richard-Wagner-Str. 10
Unterrichtssprache Deutsch
Punkte 5 ECTS

TUM LV-Nr: 920584712 und 920561010

 

Inhalt

Einführung in grundlegende Konzepte und Methoden in der Bioinformatik (Fortsetzung der Einführung in die Bioinformatik I). Themenschwerpunkte sind u.a.:

  • Genvorhersagen
  • Grundlagen der Proteinstrukturen
  • Grundlagen von Phylogenie und molekularer Evolution
  • Grundlagen der Genregulation und der entsprechenden Algorithmen
  • Grundlagen metabolischer Netzwerke und ihrer Analyse
  • Eigenschaften biologischer Netzwerke
  • Einführung Datenbanken und Datenintegration in den Biowissenschaften

Übungsbetrieb

Ziel der Übungen ist es, die Inhalte der Vorlesung in praktischer Form zu verdeutlichen. Darüber hinaus bereiten die Übungen Sie auf die Klausur vor, indem Fragestellungen geübt werden, die in der Klausur Schwerpunkte bilden. Für die Bearbeitung der Übungen können Sie z.B. die CIP-Pools von TUM und LMU nutzen.

Eine Anmeldung und die Teilnahme am Übungsbetrieb ist obligatorisch, um an der Klausur teilnehmen zu können. Bitteilen Sie uns Ihre Gruppenmitglieder bis zum 19.04.2016 hier mit. Eine Gruppe sollte aus drei bis vier Studenten bestehen. Größere oder kleinere Gruppen werden entsprechend zufallsbasiert getrennt oder zusammengelegt.

Das 1. Übungsblatt ist nach der 1. Vorlesung online erhältlich. Die Übungsblätter werden von uns in der Regel am Tag nach der Vorlesung veröffentlicht. Um ein Blatt herunterladen zu können, benötigen Sie einen Account für diesen Webserver (wie für den ersten Teil dieser Lehrveranstaltung und in der 1. Vorlesung beschrieben). Der Zugang ist auch notwendig, damit Sie ihre Lösung einreichen und die Korrektur einsehen können.

Bei Problemen oder Rückfragen bitte an jan.quell [ at ] tum.de wenden.

Weitere Informationen

  • In der ersten Vorlesungswoche (14.04.16) findet noch keine Übung statt

  • 3-4 Studenten/innen bilden je eine Übungsgruppe
  • Jede Übungsgruppe erstellt sich ein individuelles Login auf diesem Webserver
  • Jede Gruppe gibt mit dem individuellen Login eine gemeinsame Lösung auf dem Webserver ab
  • Die Lösungen müssen in einem zusammenhängenden, ordentlich formatierten und gegliederten PDF-Dokument eingereicht werden (inklusive Tabellen, Abbildungen etc.). Geeignete Softare gibt es reichlich (OpenOffice, LaTeX, MS-Word + CutePDF/FreePDF/Acrobat-Professional/, ...)
  • Jede Übungslösung muss einen Kopf aufweisen, in dem das Datum, Titel/Nummer der Übung, der Name der Übungsgruppe und die Namen aller Gruppenmitglieder aufgeführt sind
  • Der eigene Name auf dem Übungsblatt gilt als Versicherung, dass die betreffende Person an der Erstellung der Lösung aktiv mitgearbeitet hat und in der Lage ist, die Lösung gegebenenfalls in der Übungsbesprechung zu präsentieren
  • Lösungen müssen jeweils am Tag der Übungsbesprechung bis spätestens 9:00 Uhr eingegangen sein und werden bewertet bzw. knapp kommentiert. Die Kommentare stellen keine vollständige Korrektur dar, sondern dienen nur der Orientierung!
    Eine ausführliche Besprechung der Lösungen findet in den Übungsstunden statt
  • Eine aktive Teilnahme am Übungsbetrieb wird verlangt. Dies kann erfolgen durch das Bearbeiten von Übungsblättern, eine regelmäßige Anwesenheit in den Übungsbesprechungen und/oder das Vorstellen von Lösungsvorschlägen (bei zwei mangelhaften Übungsblättern oder Fehlstunden). Dies ist Bedingung zur Klausurzulassung.
  • Bei Problemen bitte den Betreuer der Übungsgruppe kontaktieren

Literaturhinweise

Marketa Zvelebil, Jeremy O. Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis Ltd., Abingdon, Oxford, UK. 1. Auflage. 2007.

David W. Mount: Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, U.S. 2. Auflage. 2004.

Arthur M. Lesk, Sebastian Vogel: Bioinformatik: Eine Einführung. Spektrum Akademischer Verlag, Heidelberg. 2002.

Voraussetzungen

Einführung in die Bioinformatik I

Zielgruppe

Studierende im Hauptstudium Bioinformatik (ab 2. Fachsemester) oder Studierende anderer Fächer mit Nebenfach Bioinformatik.