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Praktikum "Angewandte Bioinformatik" (ABi)

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Veranstaltungstyp Praktikum
Dozent Prof HW Mewes, A Dieckmann, JD Quell
Zeit Donnerstag, 08:30–13:00
Turnus wöchentlich vom 14.04.2016 bis zum 14.07.2016
Vorbesprechung 14.04.2016 09:00
Raum OG L 19 (Maximus-von-Imhof-Forum 1+3)
Punkte 8 ECTS

Hinweis: Für diese Veranstaltung ist eine Anmeldung erforderlich.

TUM LV-Nr: 0000003441


Inhalt

Es werden in erster Linie Werkzeuge, Methoden und Konzepte aus verschiedenen Bereichen der angewandten Bioinformatik vorgestellt und von den Teilnehmern selbständig angewandt. Im Mittelpunkt stehen dabei die Analyse und Handhabung auch größerer Mengen biologischer Daten (z.B. Sequenzdaten) im Kontext konkreter biologischer Fragestellungen mittels spezieller Bioinformatik-Werkzeuge, relationaler Datenbanken, UNIX Befehlen, Statistiksoftware und elementarer Programmierung.

Das Modul setzt sich aus einem Seminar- und einem Praktikumsteil zusammen. Die Teilnehmer arbeiten in 2-er Gruppen. Um dies sinnvoll umsetzen zu können, wird eine Mindestteilnehmerzahl von acht vorausgesetzt. Im Seminarteil wird durch eigenständige Recherche und Studium wissenschaftlicher Literatur eine Präsentation vorbereitet. Im Praktikumsteil werden konkrete Übungsaufgaben und typische Problemstellungen bearbeitet. Hierzu werden Praktikumsberichte erstellt. Ergänzt wird das Praktikum durch kurze Tutoriumssequenzen der Betreuer.

Anwesenheit und Bewertungskriterien

Die Prüfungsleistung besteht aus einem mündlichen Teil in Form einer Präsentation und einem schriftlichen Teil in Form mehrerer Praktikumsberichte. In der Präsentation zeigen die Studenten, dass sie eine wissenschaftliche Methode aus der Fachliteratur erfassen, verstehen und wiedergeben können. In den Praktikumsberichten weisen sie die Fähigkeit nach, bestimmte bioinformatische Werkzeuge, Methoden und Konzepte gezielt auf eine gegebene Fragestellung anwenden und die Ergebnisse interpretieren zu können.

Für jeden Teil können maximal 10 Punkte erreicht werden. Die Gesamtnote setzt sich zu 25% aus der Bewertung der Präsentation und zu 75% aus der Durchschnittsbewertung der Praktikumsberichte zusammen.

Für die Bewertung der Praktukumsberichte gelten folgende Regeln:

  • Nicht fristgemäß eingereichte oder ungenügende Berichte (Bewertung mit 0 Punkten) sind innerhalb einer Woche zu überarbeiten und erneut einzureichen. Dies wird in der endgültigen Bewertung durch einen entsprechenden Punktabzug berücksichtigt.
  • Wiederholt als ungenügend bewertete Berichte (Bewertung mit 0 Punkten) führen zu der Gesamtnote 5.0.

Während des Praktikums besteht Anwesenheitspflicht. Krankheitsbedingte Ausfälle sind mit ärztlichem Attest zu belegen

Literaturhinweise

Marketa Zvelebil, Jeremy O. Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis Ltd., Abingdon, Oxford, UK. 1. Auflage. 2007.

David W. Mount: Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, U.S. 2. Auflage. 2004.

Arthur M. Lesk, Sebastian Vogel: Bioinformatik: Eine Einführung. Spektrum Akademischer Verlag, Heidelberg. 2002.

Voraussetzungen

Bioinformatik für Biowissenschaften I/II empfohlen

Zielgruppe

Masterstudiengänge Biologie, Biochemie und Molekulare Biotechnologie.